MKVToolNix
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El multiplexado MKV es el proceso de combinar diferentes pistas de video, audio, subtítulos y otros elementos en un único archivo MKV. Este archivo puede contener múltiples fuentes de audio, diferentes idiomas de subtítulos y más, lo que permite al usuario elegir la pista que prefiera durante la reproducción.
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Archivos multimedia
Un archivo de vídeo cualquiera y un archivo de subtítulos o audio.
Abrimos la aplicación MKVToolNix.
Añadimos el archivo de vídeo que queremos juntar.
Arrastramos los archivos que queremos importar hasta el recuadro bajo Archivos de origen.

Podemos añadir archivos haciendo clic derecho sobre el recuadro bajo Archivos de origen. Se nos abrirá una ventana del explorador de archivos, desde la que escogeremos los archivos que queramos importar.

Añadimos los archivos de subtítulos/audio.
Añadimos el archivo de subtítulos o audio que queramos emparejar con el vídeo dentro del contenedor Matroska. En la ventana que nos aparece seleccionamos la primera opción, con la que agregaremos el archivo a la configuración de multiplexado actual.

Revisión de archivos importados.
Cuando hayamos agregado todos los archivos, veremos que en la parte de abajo habrá una sección que contendrá diferentes tipos de pistas. Estas pistas están agrupadas con el color del archivo, podremos identificar de dónde proceden mirando su color respecto a los archivos importados.
Desde aquí también podemos seleccionar qué pistas querremos que haya en el archivo final. Podemos quitar pistas que ya existieran previamente y que no queramos preservar en el nuevo archivo que crearemos.

Podemos modificar las propiedades de inserción de una pista. En este ejemplo estamos viendo y cambiando las propiedades de una pista de subtítulos. Las propiedades más importantes que destacaremos son:

Iniciar multiplexado.
Una vez hemos terminado de ajustar todas las opciones que necesitemos, podemos proceder a multiplexar y obtener el archivo final. Para ello haremos clic en Iniciar multiplexado. Esto iniciará el proceso que tardará más o menos dependiendo de la velocidad de los dispositivos de almacenaje en donde se encuentren estos archivos.

Esperar.
Verificar la exportación del archivo.

Si volvemos a MKVToolNix para revisar las pistas dentro del nuevo archivo, veremos que ahora todas están agrupadas dentro del mismo con el mismo color todas las pistas. Ahora podríamos volver al archivo anterior si desmarcamos la pista que hemos agregado anteriormente y volvemos a iniciar el multiplexado.
